Hola!
¿Y no podrías ampliar el Timeout como medida rápida?
Hasta donde sé, no sé cómo desactivar el log, pero en caso de que te interese, podrías modificar a mano el tamaño del log. Ponlo lo suficientemente grande como para que no tenga que autoaumentarse cada cierto número de registros eliminados y así ganarás en rendimiento.
En fin, haz una prueba y nos cuentas.
Saludos