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Hola soy nuevo en asp.net , y necesito hacer un sitio que tenga un diseño web bastante aceptable.
El sitio tiene que poseer un diseño "uniforme" en todas las paginas.
Me gustaria saber como trabajar , como manipular el codigo html sin que se complique mucho.

Me conviene mas utilizar "web forms" o un "modelo model view controller MVC".
La aplicacion tiene una logica de negocio complicada , en principio me tiro por el modelo de los
web -forms ya que es mas potente para trabajar , se que se puede utilizar master-pages para dar un diseño uniforme en toda la aplicacion, lo que nose es como manipular el html como para que no se mezcle muchos codigo.

Si alguien me puede dar una minima guia de como encarar con el diseño web que es algo que me mata se los agradezco.

La verdad es que es dificil darte una respuesta concreta porque todo depende en gran medida del abanico de tecnologías que vas a usar en el sitio web, de tus preferencias personales como diseñador y de la envergadura del proyecto.

El problema de mantener un look uniforme en todas las páginas se soluciona muy fácilmente usando Master Pages y no necesitas irte a MVC. ASP.NET de por sí hace un trabajo estupendo separando presentación y lógica de negocio, siempre y cuando no necesites incluir código en la parte de cliente (Javascript fundamentalmente). El look del sitio web no debería ser -en principio- motivo de debate sobre usar MVC o no, sino todo el conjunto de la aplicación web entera.

Si tu proyecto es muy complicado y la lógica de negocio tiene un tamaño considerable, quizá si que te sea muy interesante probar el MVC (echa un vistazo aquí).